Le CERFACS héberge des équipes inter-disciplinaires, adressant à la fois le domaine de la recherche et de la formation avancée, composées de: physiciens, mathématiciens appliqués, analystes numériques et ingénieurs logiciels.
Environ 115 personnes travaillent au CERFACS dont plus de 95 chercheurs et ingénieurs issus de 10 pays différents. Neuf domaines de recherche sont couverts au CERFACS : l'algorithmie parallèle, le couplage de code, l'aérodynamique, les turbines à gas, le climat, l'impact environnemental, l'assimilation de données et l'électromagnétisme.
Une part des activités de recherche du CERFACS sont associées au CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique, www.cnrs.fr), au sein d'une "Unité de Recherche Associée" (SUC, URA 1875). CERFACS et l'INRIA (Institut National de Recherche en Informatique et Automatique (www.inria.fr) ont également mis en commun une part de leurs activités respectives au sein d'un laboratoire commun.
Le CERFACS est également impliqué dans TVE (Terre Vivante et Espace, www.omp.obs-mip.fr) regroupant plusieurs laboratoires. Il est également membre du RTRA/STAE (Réseau Thématique de Recherche Avancée "Sciences et Technologies pour l'Aéronautique et l'Espace", www.fondation-stae.net, voir également www.cerfacs.fr) et participe aux activités de AESE (Pôle de Compétitivité "Aéronautique, Espace et Systèmes Embarqués", www.aerospace-valley.com).