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Workshop 2 - Wednesday, June 20 from 9h00 to 12h30
HPC, HEALTH AND PERSONALIZED MEDICINE
Collecteur analyseur de données (CAD) : une e-infrastructure au service de la médecine personnalisée
En 2016, le Plan « France Médecine Génomique 2025 », voulu par le Premier Ministre et piloté par l'Alliance nationale des sciences de la vie et de la santé (Aviesan), vise à intégrer la médecine génomique dans le système de soins, en permettant à un nombre important de patients de bénéficier, grâce au séquençage de leur génome, d’une prise en charge diagnostique et thérapeutique plus personnalisée.
Le Plan prévoit en particulier de mettre en place les instruments du parcours de soins de médecine génomique, avec :
- Le déploiement d’un réseau de 12 plateformes de séquençage à très haut débit
- La mise en place d’un Collecteur Analyseur de Données (CAD), capable d’exploiter le volume considérable de données générées ;
- La création d’un centre de référence technologique, d’innovation, et de transfert (CReFIX) à vocation nationale, en charge de la mise en œuvre et de l’harmonisation des protocoles.
Le CAD sera une infrastructure nationale de service qui permettra :
- D’assurer les opérations d’annotation, de curation, de filtration et d’interprétation primaire des données génomiques dans le cadre du service aux soins du Plan ;
- D’assurer le stockage des données à long terme sur une base de données interopérable construites selon les principes FAIR ;
- D‘apparier les données de génomiques aux données cliniques minimales des patients pour favoriser l’interprétation des données génomiques ;
- D’enrichir les données ainsi collectées par les rapports finaux (incluant choix, décisions et suivis thérapeutiques) et de les compléter par l’hébergement de bases de données de recherche. Cet ensemble constituera d’importantes bases de connaissance qui permettront de proposer des services aux communautés de recherche publiques et privées.
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Biographie : Christophe CALVIN est docteur en Mathématiques Appliquées de l’Institut National Polytechnique de Grenoble et a obtenu son habilitation à diriger les recherches en informatique en 2013. Il a commencé sa carrière au CEA de Grenoble comme architecte d’un code massivement parallèle en mécanique des fluides. En 2003 il rejoint le CEA de Saclay pour chef d’un projet de développement d’un code de simulation en physique des réacteurs de nouvelle génération. Après avoir dirigé un laboratoire dans le domaine du développement de codes pour la physique des réacteurs, il dirige deux projets pour la Direction de l’Energie Nucléaire du CEA dans le domaine de la thermohydraulique et du calcul intensif. Il participe à des projets internationaux dans le domaine du HPC en collaboration avec le Japon et les Etats-Unis. En 2015, il rejoint la Direction de la Recherche fondamentale du CEA pour s’occuper du secteur simulation numérique, calcul intensif, données et informatique au sein de cette direction. Dans ce cadre il participe à différents projets de recherche nationaux et internationaux dans le domaine du HPC, du cloud européen pour la recherche, de la médecine numérique ou encore du calcul quantique. Il est l’auteur de plus de 50 publications, expert sénior du CEA et président de l’association ARISTOTE. |
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