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Accueil > Forum TERATEC > Ateliers > Atelier 3
Atelier 03 - de 09h00 à 12h30
HPC et codes de calcul : un écosystème en perpétuelle évolution
Présidé par Cyril Baudry, Architecte SI scientifique, EDF R&D
et Jean-Albert Vilmer, Regional Director EMEA South, MSC Software Hexagon
Passage à l’échelle de logiciels de biologie computationelle: Evolution Artificielle et Résolution d’Equation Différentielle Ordinaire
Par Jonathan Rouzaud-Cornabas, Maître de conférences, Inria
En Biologie, l'utilisation de ressources de calcul hautes performances est assez limitée par rapport à d'autres domaines scientifiques. Mais depuis quelques années, le besoin de telles ressources s'est accru et devient critique. Néanmoins, les modèles et les logiciels qui mettre en œuvre ne sont pas prêts à une telle plate-forme. En conséquence, nous avons une grande opportunité de redévelopper ou de porter ces logiciels sur une plate-forme HPC moderne tout en utilisant une méthodologie de pointe pour le faire.
Nous présenterons le travail que nous avons effectué autour du logiciel Aevol, un logiciel d'évolution artificielle, et comment nous l'avons repensé de fond en comble pour pouvoir prendre en charge à la fois le calcul CPU et GPU. Un tel travail ne serait pas possible sans une solide compréhension du modèle biologique et de son fonctionnement.
Nous affirmons qu'un tel travail n'est possible qu'avec une collaboration forte et étroite entre le modélisateur biologique et le scientifique HPC.
Pour conclure, nous donnerons un premier retour d'expérience sur notre nouveau projet ExODE qui travaille sur un nouveau solveur ODE portable performant pour le modèle biologique.
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Biographie : Jonathan Rouzaud-Cornabas is an associate professor at INSA Lyon in the Computer Science department. He is doing his research in the LIRIS Lab and within the Inria Beagle research team. His primary focus is artificial evolution and the study of genome and biologicial network structures and the origin of their complexity. He is also involved in multiple High Performance Computational Biology project to increase the usage of supercomputer within the biology community and disseminates good practice such as performance portability. He is the PI of ExODE (Scaling the solving of Ordinary Differential Equation for Computational Biology), a project focusing on the usage of mix precision and modern HPC platform to improve performance and scalability of ODE Solver for biology model. |
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