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Forum Teratec 2022
Mercredi 15 juin - Atelier applicatif

Atelier 02 - de 9h00 à 12h30

Technologies HPC et santé
Présidé par Daniel Verwaerde, co-fondateur et président, Teratec

MICROCARD : modéliser le cœur cellule par cellule
Par Mark Potse, research professor, Université de Bordeaux

MICROCARD est un projet de recherche européen visant à simuler la physiologie cardiaque avec une résolution micrométrique sur des machines exascalaires. Le code développé par le projet permettra aux cardiologues de mieux comprendre comment les arythmies cardiaques se développent, particulièrement dans des tissus endommagés par des infections, des mutations de l'ADN, ou un infarctus précédent, puisque dans ces tissus l'interaction entre cellules individuelles devient un enjeu crucial.

Les modèles cellule-par-cellule que MICROCARD vise construire sont 10.000 fois plus grands que les modèles de cœur utilisées couramment aujourd'hui. Pour y arriver, le consortium MICROCARD regroupe informaticiens, numériciens, mathématiciens et ingénieurs biomédicaux pour s'attaquer à tous les aspects du problème : évaluation efficace des équations complexes du modèle sur des architectures hétérogènes, développement de schémas numériques avec solveurs et préconditionneurs adaptés, une parallélisation par tâches flexible et résiliente, ainsi que le traitement des maillages énormes qui seront requis.

Parmi les résultats de la première année du projet on peut citer le remplacement de PETSc par la librairie d'algèbre linéaire Ginkgo, une translation automatisée des équations en code optimisée pour chaque architecture permettant de calculer jusqu'à 10 fois plus vite, et des méthodes pour générer des tissus virtuels détaillées.

Biographie : Mark Potse is a research professor at Université de Bordeaux and member of the Inria team CARMEN. He studies the mechanisms of cardiac arrhythmia using numerical models, and develops the HPC code that is needed for this research. A physicist by training, he has used both signal analysis methods and simulation to investigate cardiac electrophysiology, both in Europe and in Canada. He is the scientific coordinator of the MICROCARD project (https://microcard.eu).

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